狗的腸道是個不簡單的地方，能消化大塊食物，讓沙門氏菌、大腸桿菌等病原體變得無害，將食物轉變成身體能利用的營養。這大多要靠腸中的酶及微生物群來完成。微生物群就是一般所知的有益細菌，可以幫助消化、吸收，製造維生素B和酶。最重要的，它們是對抗外部入侵者的主要防禦，以及健康免疫系統的重要部分。
在健康的消化道中，微生物數量超過 10的14次方，來自 400 個不同的種。許多研究者現在相信，腸道中益菌水平的下降，可能表示慢性退行性疾病的發作，以及免疫系統的被抑制。不良的飲食和其他環境壓力，可以嚴重的傷害益菌群。
雖然沒有太多在狗身上的研究，不過，在人身上，益菌數可以經常低到每毫升 4～5 個，而健康的大腸能至少有每毫升 1000 億個。有益細菌似乎能妨礙致病微生物抓住腸子內裡，透過一種競爭排斥的過程，它們也能擠出腸胃道中的有害細菌，還能夠促進消化、吸收食物中的重要營養，提昇整體健康。
越來越多的證據顯示，有益細菌也能在身體的細胞和組織上發揮明顯的抗發炎效果。
益菌減少的原因
- 年老
隨著時間，有益菌失去活力。
- 腸內酸鹼平衡改變
這就是為什麼給狗狗餵食榖物和太多蔬菜，可能不是個好主意，因改變了腸內酸鹼值，減緩消化速度而增加了有害、腐敗菌的增長。
- 非類固醇抗發炎藥
像是 Rimadyl、Metacam、Deramaxx 會破壞腸道菌叢。
- 飲水中的氯
不但會殺掉水中的細菌，同樣的也會破壞腸內的益菌群。
- 放射物
會破壞體內的細菌環境，包括了手機、無線電話和 wi-fi。
- 非有機的食物
- 抗菌草藥
像是金印草（如果服下足夠的量）會有負面的影響。
- 抗生素
任何抗生素都會摧毀好菌和壞菌，會讓致病的、害菌的突變株出現且橫行體內。事實上，藥物或食物中的抗生素，是導致腸胃道有害病原體過度生長（稱之為「生態失調」）的頭號嫌疑犯，這可能是許多自體免疫失調和特定癌症的根源。
我們能做什麼？
顯然，補充好菌對狗狗健康是很重要的。市面上有許多益生菌，但一般來說，要找有包含以下兩種菌種的配方：
- 嗜酸乳桿菌
- 雙歧桿菌
許多研究者相信大腸中的雙歧桿菌（bifidobacteria）數量減少，表示慢性退行性疾病的可能發作。雙歧桿菌有許多不同的方式對身體產生益處，它們消耗舊的排泄物質，能夠移除形成癌症的成分（或是導致其生成的酶），也能阻止肝、結腸和乳腺腫瘤的形成。
當您開始給狗狗吃益生菌時，最好要慢慢來，因為益生菌會導致腸中害菌死亡，而引起放屁、軟便以及腸胃不適等初期反應。
